Las primeras referencias al mundo por el nombre de 'Oonindo' aparecen con los historiadores de las primeras grandes naciones feudales. Los pocos documentos datados de la época relatan una época de gran prosperidad e intercambio del conocimiento. Por desgracia, la nueva necesidad expansionista de las sociedades humanas pronto chocó en una terrible guerra sin aparente fin. Se cuenta que esta guerra duró más de mil años e involucró al mundo entero. Gran parte de los motivos por los que gran parte de la historia de Oonindo está envuelta en un halo de misterios.

Cuentan las leyendas que en aquél entonces el ser humano no sabía utilizar el chakra. Fue un niño prodigio, al que más tarde se le llamó Rikudō-sennin, o Sabio de los Seis Caminos, quien con sus extraños dones de nacimiento descubrió todos sus secretos y los transmitió a los demás, con la esperanza de que el chakra ayudase a las personas a conectar y a entenderse mejor. A este nuevo arte Rikudō-sennin le llamó Ninshuu. Durante un tiempo, esta nueva fuerza ilusionante se mantuvo como una próspera filosofía pacifista, y las naciones hicieron un esfuerzo por respetarse las unas a las otras. Pero lo bueno nunca dura para siempre, y la naturaleza humana es difícil de cambiar. La ambición de unos pocos derrumbó el sueño de Rikudō, y pronto, el arte del Ninshuu se desvirtuó: transformando el chakra en un arma que usar contra los demás, la filosofía se convirtió en técnica de guerra. Y así es como nació el Ninjutsu.

Los conflictos se reanudaron. Un nuevo tipo de guerreros especializados en el uso del chakra, los ninjas, surgieron y proliferaron. Rikudō-sennin perdió la fe en la sociedad humana, y se retiró a las montañas para dedicarse a la meditación en solitario. Dicen que los poderes de Rikudō le permitieron vivir durante cientos y cientos de años, y así, pronto el mundo se olvidó de él.

Se dice que con el tiempo, de la sangre y el chakra de los caídos en la guerra, creció un árbol maldito: el Shinjū. El Shinjū se convirtió en un símbolo de los movimientos pacifistas, y en un cuento para no dormir para las nuevas generaciones. Se decía que era un símbolo del odio, y en parte, no se equivocaban. El árbol no tardó en producir un fruto, y fue cuestión de tiempo que alguien intentase comerlo, buscando, quizás, adquirir la fuerza de los caídos en la guerra.

Y así fue, el muchacho que comió el fruto adquirió la fuerza de un dios. Pero también hizo suyos el dolor, el miedo, la ira de los que habían muerto por sus países, por sus seres queridos, a lo largo de siglos. El árbol enzarzó sus raíces alrededor del chico, y juntos se transformaron en el famoso y terrorífico Jūbi, una bestia de diez colas que pronto sembró el caos por todo el planeta. Los Señores Feudales, por primera vez, no tuvieron más remedio que cesar la guerra y centrar todos sus esfuerzos, unidos, en tratar de defender Oonindo de la bestia. Pero esos esfuerzos no estaban siendo suficientes.

Entonces, Rikudō-sennin, incapaz de ignorar lo que estaba pasando, se vio forzado a abandonar su retiro espiritual. Con la fuerza de su poderoso y extraño dōjutsu, el Rinnegan, fue capaz de abatir al monstruo. El Sabio temió, no obstante, que matarlo hiciese reaparecer al árbol maldito. De modo que selló todo el chakra de la bestia en el interior de su cuerpo, convirtiéndose así en el primer jinchūriki de la historia.

Con el nuevo poder adquirido, y viendo en la colaboración última de los Señores Feudales una oportunidad, Rikudō-sennin entendió que los ninjas no dejarían de pelear jamás, así que trató de instaurar algún tipo de orden. Ideó un sistema de Villas Ocultas y fundó las primeras cinco: Konoha, Suna, Kiri, Kumo e Iwa, eligiendo como líderes a aquellos que habían sido más cercanos a sus ideas de paz. Premió a aquellos Señores Feudales que habían trabajado activamente por la unión de todas las fuerzas shinobi y destituyó y cambió por otros a aquellos que aprovecharon el fin del Jūbi para tratar de obtener algún pellizco de más. Repartió un territorio asignado a cada uno de ellos para que dejaran de disputárselo, y una vez hecho todo esto, el viejo sabio volvió a su retiro.

Cuando llegó la hora de su muerte, Rikudō se vio obligado a hacer algo con el chakra del Juubi, que no podía suprimir por completo ni arriesgarse a dejar en manos equivocadas. Fabricó nueve vasijas especiales, y en ellas dividió y almacenó el chakra del Jūbi, creando nueve bestias con cola que hoy se conocen como bijū. Por un motivo desconocido, aunque quizás para impedir que ningún otro ser humano se hiciese fácilmente con fuentes ingentes de chakra, el Sabio dio a estas bestias una forma animal propia. Rikudō escondió las vasijas, esperando que nadie las encontrase jamás, y luego, se retiró al sueño eterno.

Todo esto, por supuesto, no son más que leyendas transmitidas de boca a boca. No hay registros bien documentados de nada de esto por culpa del gran conflicto que no tardaría mucho en llegar. Siglos más tarde, el líder de una de las aldeas encontró una de esas vasijas y extrajo el bijū para utilizarlo en una guerra contra otra. Para defenderse, las demás aldeas iniciaron una búsqueda para hacer lo mismo. La época oscura de la guerra sin fin volvió. Las antiguas Cinco Grandes Aldeas Ninja sembraron el caos por todo Oonindo, casi literalmente a lomos de los bijū. Las bestias, en algún punto, escaparon de su control, y a día de hoy, casi no queda rastro de dichas villas.

Libres para sembrar el caos por el mundo, los bijū, enrabietados, tomaron su particular venganza derribando montañas, provocando terremotos y tsunamis. Pero entonces, tres héroes, los tres primeros kages de Uzushiogakure, Kusagakure, y Amegakure, por aquél entonces aldeas pequeñas pero comprometidas con la paz, atrajeron a las nueve bestias al lugar que hoy conocemos como Valle del Fin y acabaron con sus vidas con una técnica conjunta poderosísima. Por desgracia, Uzumaki Shiomaru el Uzukage, Koichi Riona la Morikage y Sumizu Kouta el Arashikage perecieron también aquél día. En su recuerdo quedan las estatuas que vigilan el Valle con gesto adusto, resto de la técnica que acabó con los nueve terrores.

Aunque no sin sus propios problemas y tribulaciones internos, Uzushiogakure, Kusagakure y Amegakure, y sus respectivos países —Espiral, Bosque y Tormenta— se convirtieron en la vanguardia del mundo. Los antiguos países líderes se rindieron a sus exigencias y los Señores Feudales se conformaron con su propio ejército personal renunciando a refundar sus respectivas Aldeas Ninja, que entre su propia población habían adquirido una merecida mala fama. Estos Señores pagaron con creces, en dinero y en territorio, el coste de la cruenta guerra contra los bijū. Las aldeas crecieron y firmaron un pacto de no-agresión dentro de sus propios territorios.

Tras varios líderes y generaciones, se demostró que en Oonindo podía, de nuevo, reinar una cierta paz y un cierto orden. Uzumaki Shiona, Tercera Uzukage, Moyashi Kenzou, Tercer Morikage, y Amekoro Yui, Cuarta Arashikage, lideraban sus respectivas villas con la total aprobación de sus pueblos. Y entonces...

Pasado un tiempo, algo terrible que jamás podría haber previsto la humanidad sucedió: uno de los bijū resucitó, y apareció de repente en el País de la Tormenta, donde una vez más sembró el caos. Destruyó una ciudad entera —hoy conocida como la Ciudad Fantasma—, consiguió acabar con cientos de shinobi de todas las aldeas, y finalmente consiguió ser reducido antes de que llegase a una nueva población (se llegó a temer en especial que arrasase con la propia Amegakure). El bijū fue sellado en un recipiente temporal y los tres Kage se reunieron para decidir sobre su futuro. Se llegó a la conclusión de que si lo volvían a matar, reaparecería en el futuro en cualquier momento. Pero si lo dejaban en la vasija, lo convertirían en un objetivo fácil para cualquiera que descubriese su localización. Además, estaba el problema de que, inevitablemente, los demás bijū harían acto de aparición.

Se decidió, al cabo de unos años, utilizar guardianes jinchūriki, un concepto que no se había estudiado hasta el momento. El primero correspondería a Amegakure, quien había sufrido la mayor parte de los daños. Se selló el bijuu en una muchacha de corta edad de la aldea. Sólo los ninjas de más alto rango de Amegakure deberían conocer su identidad a partir de ese momento.

Se transmitió la idea de que los Guardianes son personas dignas de admiración y respeto, pues eran quienes custodiaban a las bestias e impedían que volvieran a surgir. Así, había que protegerlos a toda costa.

Por último se estableció que los siguientes bijū en aparecer serían sellados de inmediato en guardianes pertenecientes a las otras dos aldeas, y que nadie debía poseer un jinchūriki en secreto.

Por supuesto, nadie debía utilizar a los bijū para la guerra. Todavía hoy, esta posibilidad se ve como una aberración por la mayoría de la humanidad, por culpa de —o gracias a— las antiguas Cinco Grandes.