Todos los ninjas descubren que tienen afinidad a uno de cinco elementos del chakra —Katon (fuego), Fūton (viento), Raiton (rayo), Doton (tierra) y Suiton (agua)—. Esta afinidad se pide a la hora de crear la ficha de personaje ya que, sepa el usuario o no transformar su chakra en uno de estos cinco elementos, lo cierto es que dicha afinidad sigue ahí, latente. A veces, ciertos Clanes, Kekkei Genkai o Especialidades exigen que la afinidad de chakra sea una en concreto. Cuando piden dos, el usuario podrá escoger o una o la otra, pero si desbloquea más, podrá ser cualquiera de las cinco, no limitándose a las dos que pide la facultad personal.

Para transformar el chakra en un elemento, o en varios (toda una proeza a partir de tres) y por tanto poder asignar puntos a una facultad de Ninjutsu elemental, o adquirir una adicional, el personaje debe cumplir ciertos requisitos:

- (Poder 20) (Inteligencia 20) Puede transformar su chakra en su elemento afín.
- (Poder 40) (Inteligencia 40) Puede transformar su chakra en su elemento afín, y en uno adicional.
- (Poder 60) (Inteligencia 80) Puede transformar su chakra en su elemento afín, y en dos adicionales.
- (Poder 80) (Inteligencia 100) Puede transformar su chakra en su elemento afín, y en tres adicionales.


Los elementos, como ejemplifica el diagrama superior, tienen ventaja y desventaja contra otros elementos. En la práctica, esto supone que un ejecutor de una técnica con ventaja sobre el elemento de la otra técnica la atravesará con más facilidad. Puedes ver los detalles más adelante, en la sección de Combates y conflictos del manual, pero recomendamos que escojas tus elementos por las técnicas que puedes aprender con él.