Resumen de acontecimientos del juego - Versión para impresión

La jinchuuriki de Amegakure fue interceptada por una desconocida que más tarde se reveló como una de las ocho Generales de Kurama, humanos con el favor del Kyūbi, que había resurgido y tomado un cuerpo humano para sí, y ahora quería imponer el dominio de los bijū sobre los humanos. La General de Kurama revirtió el sellado sobre el bijū para que fuera ella quien controlase a la jinchūriki, aunque esta se negó y escapó a libre voluntad.

Poco después, otro General se infiltró en Uzushiogakure y consiguió acabar con la vida de Uchiha Akame, uno de los Hermanos del Desierto, que en ese momento se encontraba prisionero bajo sospechas de traición. El Ichibi al completo pasó al cuerpo de Uchiha Datsue. Se sospechaba que Kurama había hecho esto porque no podía revertir el sellado si el bijū no estaba entero en un único jinchūriki.

Estos acontecimientos empujaron a las Tres Aldeas a volverse a reunir para acordar medidas comunes contra esta nueva amenaza. Así, aparcaron sus diferencias y forjaron una nueva Gran Alianza Shinobi. Se recuperó a la jinchūriki de Amegakure y se le revirtió de nuevo a la normalidad. Se reveló la identidad de los Hermanos del Desierto (ahora sólo uno, Uchiha Datsue), y Kusagakure confesó que en secreto había creado otro jinchūriki: Eikyū Juro. Se instauró una línea telefónica entre líderes, una red de ferrocarriles a nivel mundial y nuevas técnicas de protección contra intrusos. Además, se apostó por reservar fuerzas permanentemente para investigar los movimientos de Kurama.

La tensión internacional acabó con esta reunión. Pero el futuro estaba lleno de incógnitas, y sobretodo de problemas: los Generales seguían atacando y un grupo de criminales en alza conocido como Dragón Rojo seguía campando a sus anchas. Y por si no fuera suficiente, de repente se produjo el auge de unas extrañas criaturas monstruosas creadas por Kurama y sus secuaces. Estas criaturas, que fueron bautizadas como Gebijū al compartir ciertas características con las Criaturas con Colas, comenzaron a atacar en puntos diversos de Ōnindo.

Sarutobi Hanabi y Uchiha Datsue fueron atacados por uno de los fieles servidores de Kurama. Precisamente, el mismo que le había arrancado la vida a Uchiha Akame en prisión. No fue sino con la ayuda del propio Ichibi y de dos refuerzos provenientes de Amegakure que el grupo consiguió sobreponerse a la feroz emboscada.

Por otra parte, Aotsuki Ayame descubrió que los Dragones tenían puertos destinados a la fabricación y distribución de omoide y tras un encuentro con su viejo compañero, Umikiba Kaido, también se dio cuenta de algo impactante: Al parecer, el tatuaje que llevaban los Dragones Rojos también controlaba de alguna manera sus mentes. La kunoichi intentó llevarse de vuelta a su aldea a su amigo, pero Kaido había conseguido escapar tras dejar tras de sí un misterioso mensaje: «No perdáis la fe en el alquequenje que se oculta tras la niebla, no perdáis la fe en el verdadero Umikiba Kaido».

Mientras tanto, Kusagakure lidiaba con sus propios problemas. Moyashi Kenzou fue asesinado por su propio jinchūriki, Eikyuu Juro, que se dio a la fuga después de tan desafortunado incidente. Justo antes de exhalar su último suspiro, el veterano Morikage le había cedido su sombrero a su mano derecha, Aburame Kintsugi, que se alzó como la nueva Cuarta Morikage de la Aldea.

Llena de rencor hacia los bijū y los jinchūriki, Kintsugi se reunió con los otros Kage de las otras dos aldeas para ponerles al corriente de lo que había ocurrido en Kusagakure, y para solicitar la inclusión de Eikyuu Juro en el Libro Bingo de la Alianza para dar comienzo su caza. Pero tanto Yui como Hanabi habían aceptado que debían colaborar con los bijū para hacer frente a los Generales de Kurama.

Así pues, Kintsugi dio por disuelta la Alianza y marchó en solitario de vuelta a su aldea para hacer frente a las Bestias con Colas por su propia cuenta. Yui y Hanabi firmaron la Alianza Tormenta-Espiral con un nuevo lema en su bandera: «Contra el caos, nuestro orden.»